Efes’in coğrafi yapısı, doğanın kültürle kurduğu bağı en iyi şekilde gösterir. Antik dönemde denize açılan liman, zamanla Küçük Menderes’in taşıdığı alüvyonlarla dolmuş; geriye geniş düzlükler bırakmıştır. Bu süreç, insan eliyle yapılmış liman yapıları ile doğanın yavaş ama sürekli hareketi arasındaki dengeyi gözler önüne serer. Çevredeki kireçtaşı tepeler ise hem yapı malzemesi sağlamış hem de kentin manzarasını şekillendirmiştir. Bugün bu tepelerde yürüyen bir ziyaretçi, hem arkeolojik kalıntıları hem de doğanın binlerce yıllık izlerini aynı anda okuyabilir.