Efes’in doğal bitki örtüsü, tipik Akdeniz ikliminin sunduğu zenginlikleri yansıtır. Zeytin, incir, kızılçam, defne, mersin, keçiboynuzu ve kermes meşesi, kentin kırsal peyzajının vazgeçilmez parçalarıdır. İlkbaharda açan yabani çiçekler, dağ yamaçlarını mor, sarı ve kırmızı tonlarıyla süslerken; kekik ve adaçayı gibi aromatik otsular hem mutfak kültüründe hem de tıbbi uygulamalarda önemli yer tutardı. Bu bitkiler, aynı zamanda antik dönemden günümüze uzanan bir yaşam sürekliliğini temsil eder.

Sulak alanların barındırdığı kuş çeşitliliği, Efes’in doğasını yalnızca bitkisel değil, hayvansal açıdan da zengin kılar. Göçmen kuşların bu bölgede konaklaması, Efes’in antik dönemden beri “yaşamın geçiş noktası” olduğunu hatırlatır. Böylece Efes’in biyoçeşitliliği, yalnızca doğanın bir zenginliği değil, aynı zamanda kentin kültürel hafızasını besleyen bir kaynaktır.